Почему возникает рак кишечника, разбираются новосибирские генетики
Почему возникает рак кишечника, разбираются новосибирские генетики
В ФИЦ «Институт цитологии и генетики СО РАН» сделан новый шаг в оценке риска онкологии. Ученые выяснили, что дело, скорее всего, в полиморфизмах – крошечных звеньях ДНК.
Полиморфизмы или single nucleotide polymorphism (SNP) входят в некодирующие области ДНК – не отвечающие за образование белков, но составляющие регуляторные участки, которые по мере необходимости могут «включать» и «выключать» различные гены. Как обнаружили ученые, регуляторные SNP могут контролировать уровень экспрессии генов и вносят самый большой вклад в увеличение риска развития серьезных заболеваний. Поэтому интерес к поиску таких регуляторных SNP заметно вырос.
Сначала поиски велись с помощью компьютерного моделирования, которое предсказывало возможное месторасположение полиморфизмов в ДНК, а затем прогнозы подтверждали эекспериментально. Но это не давало гарантии, что в живых организмах найденные полиморфизмы имели какое-то функциональное значение. Такой же недостаток у другого распространенного метода генетических исследований – GWAS, при котором ищется статистическая связь между полиморфизмами и сложными болезнями с использованием больших выборок пациентов.
Ученые из ФИЦ «Институт цитологии и генетики СО РАН» разработали свой метод – искать регуляторные замены в ДНК «по функции»: изучается последовательность нуклеидов ДНК и одновременно экспрессия генов в этом же организме или типе клеток. Такой подход стал возможным благодаря тому, что по всему миру уже расшифровали достаточно много геномов, они находятся в базах с открытым доступом, что позволяет работать сразу с несколькими наборами клеточных линий.
У метода, разработанного новосибирскими генетиками, есть свои особенности. Во-первых, использовался для анализа больший набор экспериментальных данных по различным клеточным линиям человека. Во-вторых, анализировали этот массив данных с помощью собственных компьютерных алгоритмов. В результате сумели найти новые гены, удаленные от самого SNP в ДНК, но, возможно, попадающие под его влияние. Определить такие удаленные гены-мишени – достаточно сложная задача. Обычно объектом изучения становятся соседние с SNP гены. Новосибирские ученые составили список из 1,5 тысяч потенциально регуляторных полиморфизмов и соответствующих им генов-мишеней.
– Чтобы экспериментально подтвердить их функциональность, надо для начала определить, с какими изменениями в фенотипе или здоровье человека та или иная замена может быть связана, – отмечает научный сотрудник лаборатории регуляции экспрессии генов ФИЦ ИЦИГ СО РАН, к.б.н. Елена Корболина. – У нас был получен доступ к довольно обширной базе просеквенированных тканей пациентов с диагнозом рак толстого кишечника. Так что мы в первую очередь выбрали из общего списка те полиморфизмы, варианты которых чаще встречались именно в этих образцах.
Исследователи нашли несколько десятков полиморфизмов, которые могли повлиять на онкологию, тем самым расширив список функциональных SNP. Причем это не соматические мутации (те, что могут возникнуть в течение жизни и часто служат «спусковым крючком» для рака), а именно генетические. Полученная информация в дальнейшем позволит выстраивать более точную модель механизмов зарождения злокачественной опухоли, а в более отдаленной перспективе – и к выработке способов предотвратить проявление заболевания.
Источник: пресс-служба ФИЦ «Институт цитологии и генетики СО РАН»
Фото с сайта alev.biz
Добро пожаловать в наши группы в соцсетях ВКонтакте и Facebook. Заходите, смотрите и будьте всегда в курсе самых свежих новостей.
Другие новости на тему
Комментарии