Задуманную реформу научных учреждений страны с ликвидацией РАН, РАМН и РАСХН и образованием единой общественной организации – Российской академии наук – академики оценили как намерение разгромить систему фундаментальной науки.
Ответило руководство РАН и на предложение избавить ученых от несвойственной функции управления имуществом и коммунальным хозяйством, о чем заявил премьер Дмитрий Медведев:
«Надуманными являются претензии к академиям о якобы неэффективном использовании федерального имущества: на наш взгляд, деятельность крупнейших институтов государственных академий, таких как Институты ядерной физики и катализа в Новосибирском Академгородке, являются примером весьма эффективного использования имеющихся ресурсов. Господин Д.В. Ливанов мог в этом убедиться при недавнем посещении институтов Сибирского отделения РАН. Не выдерживают критики претензии отдельных членов правительства, что якобы академики занимаются проблемами ЖКХ вместо развития науки. Объясняем, что проблемы ЖКХ в системе РАН ничем не отличаются от имеющихся в целом по стране, а их решение в научных центрах и академгородках обеспечивается эффективным трудом коллективов высокопрофессиональных специалистов организаций ЖКХ и систем инженерной инфраструктуры».
Открытое письмо от 28 июня 2013 года подписали председатель СО РАН академик Александр Асеев, его заместитель Ренад Сагдеев и еще 9 академиков СО РАН. Они назвали решение правительства несостоятельным и потребовали отставки министра образования и науки Дмитрия Ливанова, а также проведения открытого и гласного обсуждения, поскольку, подчеркивается в письме, проект был разработан в условиях закрытости и келейности.